Episode 1 : Un pour tous Sept mois après avoir quitté les États-Unis, le docteur Brennan et l'agent Booth se retrouvent à Washington à la demande de Caroline. La réputation et la carrière du docteur Camille Saroyan sont en jeu...
Episode 2 : Les nouveaux amants Les restes d'un couple sont retrouvés dans une grotte située dans un parc national. Une fois les victimes identifiées par l'équipe du docteur Brennan, Booth dispose de très peu de suspects à interroger. Durant l'enquête, l'agent reçoit la visite surprise de sa petite amie Hannah, qui a demandé son affectation à Washington. L'arrivée de la journaliste laisse Brennan incertaine quant à ses relations avec Booth...
Episode 3 : Guido on the rocks Le corps sans vie d'un jeune homme de 23 ans a été retrouvé sur une plage du New Jersey, près d'une boîte de nuit. Contrairement à l'agent Booth, Brennan est à l'aise dans l'univers des «guidos», de jeunes Italo-Américains très soucieux de leur apparence, auquel appartenait la victime et au sein duquel ils mènent l'enquête. Pendant ce temps, Booth propose à Hannah d'emménager avec lui et Angela tente de garder secret l'heureux événement qu'elle attend...
Episode 4 : Scientifique tous publics Un crâne et des mains dans un état de décomposition très avancés sont retrouvés dans une benne à ordures. L'équipe de Bones doit élucider ce crime et retrouver le reste du corps de la victime, un chasseur de primes prénommé Ray Raminsky. Il était sur les traces de Charles Braverman, un homme recherché pour le meurtre d'un collègue. Parallèlement, le professeur Bunsen Jude, présentateur d'une émission pédagogique, demande à Brennan la permission de réaliser un épisode dans son laboratoire de l'institut Jefferson. Réticente, Bones se laisse convaincre quand Jude lui fait une proposition très intéressante...
Episode 5 : Pas d'honneur entre voleurs Sur un chantier, des ouvriers découvrent un squelette pris dans le béton. Booth et Brennan apprennent que la victime, un ancien danseur classique promis à un brillant avenir, avait quitté son ballet pour rejoindre des artistes de rue spécialisés dans le hip hop. Au fil de leur enquête, la scientifique et l'inspecteur comprennent qu'un de leurs suspects entretenait une relation avec la victime. Pendant ce temps, Hannah effectue un reportage dans un quartier mal famé de la ville, s'intéressant à des policiers corrompus. Elle finit par se retrouver dans une situation critique et sa vie est menacée...
Episode 6 : La dernière traversée L'équipe de l'Institut Jefferson est chargée d'identifier les corps remontés de l'épave d'un navire négrier coulé il y a plus de 150 ans, l'«Amélia Rose». Parmi les cadavres se trouve celui d'un jeune homme de 19 ans, dont la mort remonte à un mois, ce qui provoque l'ouverture d'une enquête, menée par Booth et Brennan. Leurs investigations les poussent à embarquer sur un paquebot utilisé pour des croisières de rencontres à destination d'un public féminin. Pendant ce temps, Sweets tente de préserver la nature de sa relation avec Daisy et Camille fait une troublante découverte en poursuivant les recherches sur les restes de l'«Amélia Rose»...
Episode 7 : Chocolat show Lors d'un salon culinaire, le corps d'une femme est retrouvé dans la plus grande tablette de chocolat du monde, confectionnée par un célèbre confiseur, Jimmy Walpert. L'agent Booth découvre que la victime cumulait mensonges, secrets et relations amoureuses : autant de mobiles pour un meurtre. Pendant ce temps, Angela et Hodgins organisent une réception pour annoncer la grossesse d'Angela, ce dont tout le monde se doute, et Camille tente de persuader Michelle de choisir une université proche de Washington, même si elle ne correspond pas à ses critères de selection, très élevés...
Episode 8 : Jalousie Booth et Bones se retrouvent sur une scène de crime. Dans un pick-up calciné, la police a retrouvé un squelette, fondu dans le tableau de bord du véhicule. En l'examinant, Bones remarque que la victime présente une blessure par balle, mais que ni l'incendie ni cette blessure ne sont la cause de la mort. D'autres indices permettent de retrouver l'épouse de la victime, professeur de lycée, et de soupçonner sa relation avec un élève d'être liée au meurtre. Pendant ce temps, Booth organise la première rencontre entre son fils Parker et Hannah, et Sweets réprime son envie d'aider Daisy pour un examen...
Episode 9 : Le monde à l'envers Brennan et Booth enquêtent sur la mort d'une brillante chirurgienne. Alors que l'équipe se met consciencieusement au travail, Brennan est frappée par la troublante ressemblante entre la victime et elle. Plus l'enquête avance, plus Brennan trouve des similitudes entre leurs existences. Cela met à mal sa légendaire objectivité, l'amène à revenir sur ses choix de vie et lui fait regretter de ne pas avoir avoué ses sentiments à Booth. Ses discussions avec un garde de l'Institut Jefferson, Micah Leggat, lui évitent de perdre pied complètement...
Episode 10 : Sans contrefaçon Accompagnés de Clark Edison, Booth et Brennan enquêtent sur le corps d'une femme retrouvé dans la douche d'une villa de luxe. Ils pensent dans un premier temps avoir découvert les restes d'une jeune femme de la haute société avant de réaliser qu'il s'agit d'une employée de la maison, complice d'un faussaire qui écoulait des contrefaçons de sacs haut de gamme. L'enquête se poursuit, mettant au jour des liens entre la victime et les propriétaires de la maison. Pendant ce temps, Angela et Hodgins cherchent une maison pour y élever leur famille et Booth parle à Hannah des sentiments que Brennan éprouve pour lui...
Episode 11 : Justice divine La presse et une foule en colère accueillent Heather Taffet, alias «Le fossoyeur», à son procès en appel. Mais en montant les marches du tribunal sous les huées et les flashes, et sous escorte de Sweets et Booth, la tueuse en série est abattue. La chasse au sniper commence pour le FBI...
Episode 12 : Femmes soeurs L'équipe de l'Institut Jefferson étudie le cadavre d'un homme déguisé en épouvantail, retrouvé dans un champ de maïs en rase campagne. La police scientifique doit mener ses prélèvement et ses analyses le plus rapidement possible, avant que des vents violents ne viennent perturber la scène de crime et effacer les preuves. L'homme était polygame et les enquêteurs interrogent ses trois épouses, des soeurs. Booth et Brennan découvrent que leur jalousie était à l'origine de nombreuses querelles familiales. Ils interrogent également les autres membres de la famille, qui semblaient désapprouver le mode de vie du défunt...
Episode 13 : La valse des sentiments Le corps d'un amateur de bicross est découvert sur le toit d'un entrepôt. Il serait apparemment mort des suites d'un saut incroyable effectué avec son vélo. Pendant que Booth et Brennan interrogent les amateurs locaux de vélo acrobatique, Hodgins et Fisher étudient les multiples fractures de la victime et parviennent, en reconstituant son visage, à l'identifier. Angela, elle, tente de reproduire le trajet fatal qui s'est achevé sur le toit de l'entrepôt. Parallèlement, Sweets et Booth, au cours d'une soirée arrosée, se résolvent à demander en mariage leurs fiancées et s'apprêtent à leur offrir des bagues...
Episode 14 : Le massacre de la Saint-Valentin Alors que l'Amérique tout entière s'apprête à célébrer la fête des amoureux en ce jour de Saint-Valentin, une organisatrice de mariage est retrouvée morte dans la cabine d'un centre de bronzage. Booth et Brennan s'emparent immédiatement de l'affaire et commencent, comme dans toutes leurs enquêtes, par interroger méticuleusement les différents suspects. Pendant ce temps, Camille s'impatiente. Elle voudrait bien traiter ce dossier le plus vite possible et être libre à temps pour se rendre à son rendez-vous avec son petit ami. De son côté, Hodgins passe son temps libre à chercher le plus beau cadeau possible à faire à Angela...
Episode 15 : Redresseur de tort Un faussaire, bénéficiant du service de protection des témoins, est abattu par le sniper qui se prétend justicier, Jacob Broadsky, de retour après le meurtre du Fossoyeur. L'homme est sur le point de s'attaquer à une nouvelle cible, un policier corrompu. Booth, qui veut absolument l'empêcher de sévir à nouveau, utilise son entraînement militaire pour prendre le tireur embusqué à son propre jeu. Mais Broadsky se révèle être un adversaire particulièrement malin et prévoyant, ce qui complique sa mission. Par ailleurs, le père d'Angela rend visite à sa fille pour choisir le prénom du futur bébé. Angela n'entend pas se laisser imposer un nom et tente de faire comprendre sa position à son père avec un minimum de diplomatie...
Episode 16 : En pleine tempête Un fort blizzard provoque une coupure générale d'électricité au moment où les agents doivent résoudre le meurtre d'une femme, qui aurait transmis une maladie très contagieuse à son assassin. Coincés dans un ascenseur, Booth et Brenan font le point sur leurs relations professionnelles et sentimentales. De leur côté, Hodgins et Angela sont inquiets au sujet de la santé de leur bébé. Dans son laboratoire, Hodgins tente toutefois de rester concentré pour identifier les causes de la mort de la victime. Les enquêteurs doivent également déterminer quelle est la maladie dont elle souffrait pour éviter qu'une épidémie ne se déclenche en ville. Le temps presse...
Episode 17 : L'herbe sous le pied Huit paires de pieds ont été retrouvées près de la frontière canadienne à la suite d'une inondation. Sept ont pu être identifiées comme provenant de corps utilisés pour la recherche par une université de la région. Mais l'origine de la huitième paire laisse les investigateurs perplexes. Un spécialiste canadien, le professeur Douglas Filmore, par ailleurs vieille connaissance de Brennan, dont elle ne garde pas un bon souvenir, emporte les pieds pour les examiner. Il autorise Brennan à faire équipe avec lui. Par ailleurs, Camille a postulé au nom de sa fille, et sans la prévenir, dans une prestigieuse université...
Episode 18 : Le Chupacabra Brennan doit examiner un cadavre très mystérieux, qui présente tous les signes d'une mort provoquée par l'attaque d'un monstre tout droit sorti d'un mythe : le Chupacabra. La victime est un animateur d'émissions de télévision spécialisées dans les phénomènes étranges. Le présentateur était justement à la recherche de l'animal mythique pour une prochaine émission. Un animateur concurrent est bientôt soupçonné. A l'institut, Vincent, désormais membre des Alcooliques anonymes, doit s'excuser de tout ce qu'il a pu faire, ou dire, sous l'emprise de l'alcool. Des révélations croustillantes qui ne sont pas au goût de tout le monde...
Episode 19 : Le troisième oeil Un gardien de musée a été retrouvé mort dans les Everglades. Brennan et son équipe se lancent à la recherche du meurtrier. Ils découvrent qu'un fragment d'une carte maritime du XVIIe siècle a été volé dans le musée où la victime travaillait. S'ensuit alors une véritable chasse au trésor : ce fragment contiendrait les indices nécessaires pour retrouver le Santa Esperanza, un bateau qui aurait coulé avec son trésor. Pour cette enquête, Booth demande de l'aide à Walter Sherman, un ancien collègue et ami de longue date, qui a servi lors de la guerre en Irak. Tous retrouvent la piste d'un tatoueur...
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