Tout commence en octobre 1989, à Smallville au Kansas. Une pluie de météorites s'abat sur la ville, semant sur son passage mort et désolation. La jeune Lana Lang voit mourir ses parents, tandis que le petit Lex Luthor devient chauve. Cependant, tout n'est pas catastrophique puisqu'un enfant de trois ans est recueilli par les Kent.
Douze ans passent, et Clark Kent (Tom Welling) est maintenant un adolescent pas comme les autres, puisqu'il possède d'étonnants pouvoirs. Il vit dans une ferme avec ses parents adoptifs, Martha et Jonathan Kent (Annette O'Toole, John Schneider), aime être avec ses amis Chloé Sullivan (Allison Mack) et Pete Ross (Sam Jones III) sans oublier la belle Lana Lang (Kristin Kreuk) dont il est amoureux depuis toujours. Il va également se lier d'amitié avec Lex Luthor (Michael Rosenbaum) après l'avoir sauvé d'une mort certaine.
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